Глубоко-Истринский заповедник находился в Рузском районе Московской области.

Его площадь составляла — 2050 га.

Управление заповедника находилось на территории заповедника, в 3 км от села Горбово, п.о. Колюбакино, Рузского района. Ближайшая ж.-д. станция Тучково (Белорусской ж.-д.)

Это был девятый маршрут обследования Протопоповым: Москва — Тучково — Колюбакино —  Апальщина — озеро Глубокое — биологическая станция академии наук СССР — Руза.

Протопопов считал (полагаясь на мнение руководства Рузского лесхоза), что самым лучшим в районе и единственным для заповедования будет местонахождения в Глубоко-Истринском лесничестве с озером Глубоким, о заповедовании которого у районных властей не только не встретиться никаких препятствий, но они будут рады оказать содействие.

Озеро Глубокое ледникового происхождения. Дает начало реке Малая Истра. Здесь, среди высоких моренных холмов, покрытых густыми лиственными лесами, расположена довольно обширная и местами заболоченная котловина с озером Глубоким (до XVIII века — озеро Монастырское). Его глубина доходит до 38 м, площадь водного зеркала — 64 га при длине 1200 м и ширине 848 м. Температура в придонных слоях воды всегда постоянна в течение года и составляет 4-6°C.

На нём расположена биологическая станция института эволюционной морфологии академии наук СССР. Эта станция за время многолетнего своего существования успешно работает и имеет много научных работ по познанию окружающей природы. Заповедование озера Глубокого с окружающими его хвойно-лиственными лесными массивами даст возможность расширить программу работ биологической станции, ограниченную в настоящее время работами только над озером.

Пребывание в окружающих этого озеро лесах крупного зверя — летняя стоянка лося, и мелкого — куницы, барсука, лисицы, а также разнообразной орнитофауны лесной — глухари, тетерева, рябчики, редко соловьи, водоплавающей пролётной — гуси, утки, дает богатый материал для более длительного и углублённого изучения, которое и возможно полное осуществить только при заповедном режиме. Словом, объявление этого места расположения заповедным будет строго оформлено, расширено и завершено начатое познавание эволюционного процесса в явлениях природы моренно-лесного ландшафта.

Результаты обследования и заключения о заповедовании:

Для осуществления изложенного соображения потребуется в натуре из Глубоко-Истринского лесничества Рузского района выделить вместе с озером Глубоким 64 га. окружающие его девять кварталов лесной территории в 2 334 га, недостающие до нормы территории необходимо увеличить за счёт соседнего Новопетровского района.

По соглашению с Ново-Петровским лесничеством это оказалось возможным сделать в результате проведённого обследования описанного местонахождения с осмотром в натуре озера Глубокого 5 июля 1940 г. составлен акт на предмет его пригодности для заповедования, который подписан представителями общества охраны природы, академии наук, биологической станции и лесничеством.

Процесс создания заповедника приостановила начавшаяся Великая Отечественная война.

Галина Дмитриевна Лебедева (Городецская), бывшая в 1941-м году студентка биофака МГУ так описывает свое последнее посещение биостанции на Глубоком озере перед её разорением во время немецкой оккупации. «Последний раз мы приехали с Женей Лебедевым на Глубокое Озеро примерно в конце сентября. На глубокоозёрской биостанции были тогда только сторож с женой, нам они обрадовались, встретили очень радушно. Анна Алексеевна быстро сварила картошку принесла солёные огурцы и грибы, мы достали свою снедь. Она расспрашивала нас о положении в Москве, обо всех остальных бывших обитателях станции. Говорили, что иногда слышна артиллерийская стрельба……

Мы Женей запаковали наше оборудование, обошли все лаборатории и постройки станции, все проверили. Некоторое оборудование убрали в шкафы. Я везде подмела полы. Проверили библиотеку. На следующее утро Анна Алексеевна и Копчик отвезли нас на железнодорожную станцию Тучково. Это были последние известные свидетели, видевшие биостанцию в довоенном, не разорённом виде.

Известно, что на биостанции какое-то время базировался немецкий гарнизон. В новой лаборатории размещался немецкий госпиталь. При этом все научное, хозяйственное оборудование и библиотека за малым исключением некоторых довоенных немецких научных журналов и какая-то другая литература были вывезены в Москву, оказались выброшены из помещения, уничтожены.

В наши дни:

Глубокое озеро с трех сторон окружено болотами, и только его восточный берег довольно высокий и сухой, с двумя красивыми полянами на небольших возвышениях. На одной из полян расположены здания одной из двух первых в мире (первой в России) пресноводных гидробиологических станций, в то время принадлежавшей МГУ им. М.В. Ломоносова (сейчас это биостанция Института эволюционной морфологии и экологии животных им. А.Н. Северцова РАН).

Основал станцию в 1891 году председатель Отдела ихтиологии Императорского Русского Общества акклиматизации животных и растений профессор зоологии Московского университета Николай Юрьевич Зограф, имя которого было присвоено станции в 1916 году, в год ее 25-летия.

Глубокое озеро в прошлом имело более значительную площадь. Переходное болото с южной стороны и заболоченные леса по западному берегу озера возникли, скорее всего, на месте озерных плесов. С северо-западной стороны к озеру примыкает повышенная гряда среди заболоченного леса, которую местные жители называют «островом». Возможно, в прежние времена эта гряда действительно была островом на озерной глади.

Несмотря на то, что территория заповедника находится в зоне елово-широколиственных лесов, леса заповедника были молодыми и преимущественно мелколиственными с примесью ели. Дуб произрастает в значительном количестве в юго-восточной части заповедника, в районе деревни Терехово. Таким образом, можно говорить о вторичности лесов Глубоко-Истринского заповедника, длительное время подвергавшихся вырубке и раскорчевке под пахотные земли.

Водная растительность Глубокого озера обычная для водоемов Московской области. Встречаются кубышка и белая кувшинка. Прибрежная растительность состоит из тростника и болотного хвоща.

В Глубоком озере обитают следующие виды рыб: щука, окунь, ёрш, лещ, плотва, линь, уклейка, золотой карась, верховка, вьюн, ротан, налим. Помимо этого, в озере обитают 52 вида микроскопических рачков и, как минимум, 1 вид крупных раков, найденных на глубине до 4 метров.          В 1949 году в озеро были выпущены бобры из Воронежского заповедника.

Люди и первые исследования:

Сотрудники Глубоко-Истринского заповедника провели ряд интересных исследований на Глубоком озере. Так, большую научную ценность представляют впервые проведенные здесь Л.Л. Россолимо гидрометеорологические и водомерные наблюдения, термические исследования и исследования грунтов. Результаты научных исследований отражены в первом и единственном выпуске Летоnиси природы Глубоко-Истринского заповедника (кн. 1, 1926-1950 гг. Рукоnись, Фонды Главн. ynp. по делам охоты и заповедников РСФСР, М., 1951).

В течение двух месяцев лета 1946 г. на территории Глубоко-Истринского участка работает отряд московской экспедиции НИИ географии МГУ, занимавшийся геоморфологическими исследованиями территории. Имеется предварительный отчёт о работе отряда под началом Шпицмахера.

Штатное расписание заповедника на 1 декабря 1945 года:

Велюгов Иван Григорьевич — лесничий Глубоко-Истринского участка с 12.10.1945 г.

Белюков Иван Григорьевич — лесничий по совместительству — 225 руб.

Бусарев Андрей Антонович — старший наблюдатель — 225 руб.

Павлов Степан Семёнович — наблюдатель — 140 руб.

Замотин Дмитрий Степанович — наблюдатель — 140 руб.

Анисимова Валентина Павловна — счетовод кассир по совместительству — 112 руб.

Бусарева Татьяна Фёдоровна — уборщица — 115 руб.

Первым директором Глубоко-Истринского заповедника был — Кочетков Александр Андреевич.

Современные ООПТ на территории бывшего Московского заповедника и его Глубоко-Истринского участка:

«Озеро Глубокое с прилегающими к нему массивами леса» — заказник областного значения, основанный в 1966 году.