Одна из основных целей Приокско-Террасного заповедника — сохранение и восстановление, редких и исчезающих видов растений и животных.

Редкие и исчезающие виды растений и животных занесены в Красные книги России, а также её регионов. Эти виды подлежат особой охране, а за их уничтожение взимаются штрафы и возмещение ущерба. В России Красные Книги — это юридический документ, на основании которых предпринимаются меры по защите и сохранению редких видов растений и животных вплоть до уголовного преследования лиц, причастных к их уничтожению.

Растения и животные заповедника из Красной Книги

В заповеднике произрастает 8 видов растений, занесенных в Красную Книгу России:

  • рябчик русский (Fritillaria ruthenica Wikstr., 1827)
  • рябчик шахматный (Fritillaria meleagris L., 1753)
  • ковыль перистый (Stipa pennata L. 1753)
  • венерин башмачок желтый (Cypripedium calceolus)
  • неоттианта клобучковая (Neottianthe cucullata () Schltr., 1919)
  • пальчатокоренник Траутенштейнера (Dactylorhiza traunsteineri (ex Rchb.) Soó,1962)
  • ятрышник обожженый (Orchis ustulata L.)
  • ятрышник шлемоносный (Orchis militaris , 1753)

В заповеднике произрастает 88 видов сосудистых растений включенных в Красную книгу Московской области. Из представителей степной «окской флоры» в неё включены 30 видов, в том числе:

  • тюльпан Биберштейна (Tulipa biebersteiniana et Schult.)
  • чемерица черная (Veratrum nigrum)
  • вероника седая (Veronica incana)
  • ломонос прямой Clematis recta)
  • змееголовник Руйша (Dracocephalum ruyschiana) и др.

Из 620 зарегистрированных на территории заповедника видов бабочек 71 являются редкими, занесёнными в Красную книгу Московской области.

В границах Приокско-Террасного биосферного резервата встречается 50 видов птиц, занесённых в Красную книгу Московской области. Эти виды составляют 74% списка Красной книги МО, что подтверждает роль Приокско-Террасного биосферного резервата, как территории, важной для сохранения фауны птиц в регионе.

При этом, на территории заповедника зарегистрирован 32 вид птиц с особым охранным статусом. Из них:

7 видов птиц занесены в Красную книгу России и в Красную книгу Московской области:

Остальные 25 видов птиц с особым охранным статусом внесены в Красную книгу Московской области и/или Международную Красную книгу (Красный список Международного союза охраны природы (МСОП)):

  • белый аист (Ciconia ciconia)
  • лебедь-кликун (Cygnus Cygnus)
  • шилохвость (Anas acuta)
  • обыкновенный осоед (Pernis apivorus)
  • чёрный коршун (Milvus migrans)
  • полевой лунь (Circus cyaneus)
  • луговой лунь (Circus pygargus)
  • кобчик (Falco subbuteo)
  • серый журавль (Grus grus)
  • фифи (Tringa glareola)
  • голубь клинтух (Columba oenas)
  • обыкновенная горлица (Streptopelia turtur)
  • сплюшка (Otus scops)
  • домовый сыч (Athene noctua)
  • длиннохвостая неясыть (Strix uralensis)
  • обыкновенный зимородок (Alcedo atthis)
  • удод (Upupa epops)
  • зеленый дятел (Picus viridis)
  • седой дятел (Picus canus)
  • белоспинный дятел (Dendrocopos leucotos)
  • трехпалый дятел (Picoides tridactylus)
  • лесной жаворонок (Lullula arborea)
  • кедровка (Nucifraga caryocatactes)
  • ястребиная славка (Sylvia nisoria)
  • красноголовый нырок (Aythya ferina)

Достопримечательностью заповедника является организованный в 1948 году «Центральный зубровый питомник», сыгравший ключевую роль в восстановлении и разведении зубра в России.

Зубр (Bison bonasus L.), для сохранения которого Приокско-Террасный заповедник сыграл огромную роль благодаря созданному здесь Центральному зубровому питомнику и его длительной работе по разведению зубров, начиная с 1948 г. внесен в Красную книгу Российской Федерации (2001) и Международную Красную книгу (Красный список Международного союза охраны природы (МСОП). Благодаря совместным усилиям по сохранению этого вида, в 2001 году зубр был переведен в Красном списке МСОП из категории исчезающих видов (EN) в категорию уязвимых видов (VU).

В настоящее время вольный выпас зубров за пределами питомника не практикуется и зверь не включен в список обитающих в заповеднике «краснокнижных» видов.

В последнее (3 издание от 24 декабря 2018 г.) Красной книги Московской области внесены 6 видов млекопитающих заповедника:

  • крошечная бурозубка (Sorex minutissimus)
  • ночница Наттерера (Myotis nattereri)
  • прудовая ночница (Myotis dasycnemeBoie)
  • орешниковая соня (Muscardinus avellanarius)
  • речная выдра (Lutra lutra)
  • обыкновенная рысь (Lynx lynx)