В начале своей работы младшим научным сотрудником я активно исследовал территорию заповедника в поисках гнезд пернатых хищников для своей будущей кандидатской диссертации.

Как-то в начале лета 1977 года пересекая 27 квартал с запада на восток в сторону небольшого ручья под названием Реченька, я неожиданно вышел на участок с 3-4 глубокими ямами, в несколько квадратных метров каждая. Одна из этих ям была накрыта еще не до конца сгнившей крышей из бревен и досок. Это были остатки блиндажей времен Великой Отечественной войны. Вскоре я набрел на систему траншей и окопов, которые располагались в полукилометре от блиндажей у южной границы 27 и 26 кварталов. Окопы тянулись с запада на восток вдоль окраины леса и пересекали линию электропередач, которая проходила здесь еще с довоенных времен.

Как впоследствии оказалось, обнаруженные мной строения не были единственными на заповедной территории. Даже сегодня на спутниковых снимках видны целые системы окопов, траншей и переходов вдоль всей прибрежной полосы Оки. Особенно заметны они на пойменном участке между лесными кварталами 40 и 41 и берегом реки. Эти сооружения должны были защищать пристань, которая в довоенное время располагалась на данном участке Оки. И от нее уходили дороги на север в сторону деревень Жидовиново и Енино. А система окопов в 26-27 кварталах служила защитой старинной дороги от Лужков на Данки, село Карповское и далее через Борисово на Москву.

Таким образом, по прошествии трех с половиной столетий с даты успешного отражения последнего набега на Московское государство крымских татар под предводительством хана Газы II Герая, осенью 1941 года река Ока и левобережная лесная пойма снова должна была сыграть ответственную роль защитной полосы для российской столицы.

Осенью 1941 года немецко-фашистские войска рвались к Москве с юга через Тулу. И хотя здесь танковые армии Гудериана были остановлены, но враг попытался обойти Тульский гарнизон с востока в направлении на Каширу и с запада – на Серпухов. Но в конце ноября контрударом 1-го гвардейского кавалерийского корпуса генерала П.А. Белова отбросили немецкие части на 30 км от Каширы.

В это время западнее фашисты были остановлены всего лишь в 8-10 км от окраин Серпухова. На этом участке Западного фронта оборону по линии Липицы — Дракино — Юрятино — Павловка — Кремёнки занимали войска 49-й армии генерал-лейтенанта Ивана Григорьевича Захаркина. Его штаб располагался в деревне Бутурлино.

Для отражения возможной переправы немцев через Оку на левом ее берегу на пространстве от Лужков до Зиброво и Никифорово была организована вторая линия обороны. В лесах левобережья, в том числе и в южных кварталах будущего заповедника, сооружались настоящие засеки: деревья спиливали на высоте человеческого роста и валили стволы с сучьями в сторону, откуда ждали прорыва. Рылись окопы вдоль береговой линии Оки, которые соединялись траншеями с блиндажами и землянками, сооружаемыми на окраине лесопокрытой части пойменных террас. Оборудованием этой линии обороны вероятнее всего занимались курсанты Подольского стрелково-пулеметного и артиллерийского училища, летние лагеря которых находились возле села Лужки.

Напротив, через реку Оку, на широкой пойме под селом Липицы расположился военный аэродром, на котором находились самолеты 178-го истребительного авиаполка. Этот полк защищал Серпухов в критические дни осени 1941-го года, когда фронт находился прямо у западной окраины города.

Приказом командующего 49 армии № 15 от 28 ноября 1941 года эту линию обороны должен был занимать 586 стрелковый полк 5-й Гвардейской стрелковой дивизии. Но сражаться на этом рубеже пехотинцам этого полка не пришлось. Войска 49 армии 17 декабря 1941 года освободили Алексин. А 18 декабря 586-й стрелковый полк, наступавший со стороны Оки из-под Алексина, во взаимодействии с 19-й курсантской стрелковой бригадой и 160-м отдельным разведбатальоном, нанес мощный удар по 52-й немецкой пехотной дивизии, в результате чего 19 декабря 1941 года была освобождена Таруса.

Несмотря на то, что к концу 1941 года фронт отодвинулся от границ будущего заповедника на значительное удаление к юго-западу, война продолжала наносить существенные раны этой территории. Аэродром у Липиц работал вплоть до 1944 года. За это время и сам аэродром, и окружающие территории подвергались бомбежкам и налетам вражеской авиации. Один советский и один немецкий самолет врезались в землю прямо на территории заповедника. В 13 квартале еще и сегодня в земле находятся металлические части одного из них.

Но и по окончании Великой Отечественной войны на заповедной территории располагались лагеря для немецких и венгерских военнопленных. Они располагались возле деревень Жидовиново и Республика и находились в составе Лаготделения № 15 Управления по делам военнопленных и интернированных УМВД Московской области. Возле Жидовиново на поляне, которая до настоящего времени носит название «Лагерная», в ее центральной части имеется кладбище размером 15 х 15 м, где захоронены тела 23 военнопленных, умерших в лагере. Сейчас здесь установлен памятник — большой камень, на котором выбита надпись: «Здесь покоятся венгерские военнопленные, погибшие во Второй Мировой войне» 

Но эти факты никак не характеризуют жесткий характер содержания военнопленных. Они все же имели определенную степень свободы. На это указывает приказ № 13 от 14 июля 1948 года, в котором директор заповедника требует от наблюдателей заповедника составление актов о нахождении большого количества военнопленных, сотрудников лагерей военнопленных в 19 квартале, собирающих малину.

Кроме того, военнопленных активно использовали в качестве строителей. Так, два дома сотрудников Центрального зубрового питомника были построены военнопленными и по своей структуре (форма печей, расположение комнат) отличались от типичных изб в нашей местности. Военнопленных привлекали для заготовки столбов и жердей, а также строительства изгороди зубрового питомника, а также кормокухни и сенных сараев.

В ноябре 1948 года первая очередь Центрального зубрового питомника, а именно, 3 загона и все необходимые для приема первых зубров производственные сооружения были построены. К этому времени лагеря военнопленных, расположенные на заповедной территории, были упразднены, а все находившиеся на этих участках постройки и имущество переданы на баланс Приокско-Террасного заповедника. О чем имеется приказ № 54 от 21 октября 1948 года.