От томов летописей природы – к глобальным исследованиям биоразнообразия

1 октября в Парк-отеле «Воздвиженское» начала свою работу школа-семинар «Оцифровка и публикация данных Летописи природы и биологических коллекций заповедников и национальных парков России».
Это событие станет кульминацией празднования 40-летнего участия Приокско-Террасного заповедника в программе ЮНЕСКО «Человек и Биосфера». Школа организована ФГБУ «Приокско-Террасный государственный природный биосферный заповедник им. М.А. Заблоцкого» при участии Института математических проблем биологии РАН – филиала ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, при поддержке Министерства природных ресурсов и охраны окружающей среды Российской Федерации и Глобальной информационной системы по биоразнообразию GBIF.org. Такое обучение и повышение квалификации для работников заповедников и национальных парков проводится в России впервые.
В партнерском софинансировании Школы были задействованы средства программы грантов GBIF «Мобилизация данных Европейской России», проект «Летопись природы российских особо охраняемых природных территорий: оцифровка и мобилизация данных» (ID Russia2019_03) и средства федерального бюджета, выделенных Приокско-Террасному заповеднику на проведение мероприятия.

ФГБУ «Приокско-Террасный государственный заповедник» является первым среди российских ООПТ, опубликовавшим в 2017 году данные Летописи природы в Глобальной системе информации о биологическом разнообразии GBIF. Проект согласован профильным департаментом Минприроды России как модельный. На сегодняшний день именно ПТЗ не только активно ведет в заповедном научном сообществе эту тему, но и предоставляет коллегам площадку для обучения и обмена опытом.

Юрий Буйволов, заместитель директора ПТЗ по научной работе: «Начав работу в этой области, мы уже поняли те огромные преимущества, которые она дает научным исследователям. Наши усилия освоить эти методы дали отличные плоды. Россия на национальном уровне не является членом GBIF. Наш заповедник зарегистрирован сейчас в этой сети как организация, публикующая данные. Сейчас у нас в GBIF более 30 000 записей, и сейчас на них получены 33 ссылки в международных научных статьях, в том числе и в журналах Nature, Global Ecology and Biogeography Global and Planetary Change. У нас сложились вполне полноценные научные, как сейчас принято говорить, коллаборации. В первую очередь – с GBIF, от них мы получаем возможность публиковать наши материалы, используя их форматы. У нас полноценное научное сотрудничество с коллегами из университета Хельсинки. Мы публикуемся в международных журналах, готовим с финскими коллегами совместные статьи. Мы работаем в сотрудничестве с Российской Академией наук. Здесь на нашем семинаре присутствуют эксперты, преподаватели из Института математических проблем биологии – филиала ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, из Института биологии Коми научного центра Уро РАН. Работа с коллегами из Пущино – это возможность работать с порталом IPT. В этом сотрудничестве возникает та самая желанная синергия, которая позволяет нашими силами делать эту работу. И есть еще одно очень важное обстоятельство — когда мы начинали, среди тех, кто публикуется в GBIF, был всего один заповедник – наш Приокско-Террасный. А сейчас у нас в стране 91 организация публикуется в GBIF. И среди них – 49 заповедников и национальных парков».

На школу приехало 24 участника из 18 заповедников и национальных парков, среди них 6 заместителей директоров по научной работе. Школе предшествовали 6 месяцев интенсивной подготовки к занятиям. За период с апреля по сентябрь будущие участники школы из ООПТ, выразивших желание участвовать в ней, успели под руководством преподавателей и экспертов зарегистрировать свои организации в GBIF, подготовить, выверить систематику и опубликовать свои первые данные – видовые списки. Теперь на школе им предстоит углубиться в детали создания различных наборов данных, полученных по программе Летопись природы, их публикации, а также приемов использования этой сети в научной работе. Лекционные сессии будут сменяться практическими занятиями по каждой теме.

В течение трех дней интенсивной работы участникам школы предстоит освоить большой объем информации. Их ждет знакомство с основной терминологией GBIF и стандартами представления данных о биоразнообразии – Darwin Core, способами оцифровки коллекций, стандартизации и валидации данных таксономических списков, теорией и практикой верификации данных и исправлением ошибок, постичь базовые и теоретические концепции проверки данных и освоить предназначенные для этого веб-инструменты. В этом участникам будут помогать опытные эксперты, среди которых Наталья Иванова – к.б.н., научный сотрудник Института математических проблем биологии – филиала ИПМ им. М.В. Келдыша РАН (ИМПБ), администратор IPT ИМПБ (г. Пущино), Иван Чадин – к.б.н., зам. директора Института Биологии Коми Научного центра УрО РАН (ИБ), к.б.н., администратор IPT ИБ (г. Сыктывкар), Нина Филиппова – к.б.н., научный сотрудник Югорского государственного университета (г. Ханты-Мансийск), Максим Шашков – старший научный сотрудник Института математических проблем биологии – филиала ИПМ им. М.В. Келдыша РАН, администратор IPT ИМПБ (г. Пущино).

Наталья Иванова – научный сотрудник ИМПБ РАН: «Наша встреча сейчас – практически ориентированная. Основная задача на сегодня – это все-таки научить людей разобраться в стандартах введения данных, освоиться в этом пространстве. Россия до сих пор остается таким «белым пятном» в международных базах данных. Однако это пятно уже не такое белое, каким оно было 5 лет назад. Прекрасный пример сейчас подал Гербарий Биофака МГУ, который оцифровал сейчас всю свою коллекцию. И это дало ему сейчас немало бонусов – за первый год после публикации этих материалов у них состоялось 6 международных коллабораций. Данные Гербария МГУ процитированы 54 раза в различных международных изданиях, в том числе в журнале Nature. Однако объем неоцифрованной информации все еще гигантский. Многие ООПТ еще не вполне морально готовы публиковать свои накопленные данные. Они спрашивают нас о том, какие это дает преимущества. Мы отвечаем. Во-первых, вы закрепляете свое авторство на собственные данные и получаете идентификатор на них. Во-вторых, как ваши данные становятся открытыми, так и вы можете пользоваться всем, что опубликовано коллегами со всего мира. Вы можете найти для себя различные новые направления развития исследований, новых партнеров. В- третьих, это способ привести в порядок собственные работы, потому что для публикации их нужно специально готовить и иногда уточнять и корректировать. Ну и кроме того, Россия подписала Конвенцию о биологическом разнообразии и открывая данные, мы выполняем свои обязательства. Входя в эту работу, можно рассчитывать на грантовую поддержку со стороны разных источников, в частности – РФФИ. И вообще поиск грантовых денег на эти цели – дело не безнадежное. Надо пробовать и искать возможности».

Иван Чадин, зам. директора Института Биологии Коми Научного центра УрО РАН: «Меня очень привлекает позиция авторов концепции GBIF, которую я назвал бы крайне бережной по отношению к тем, кто производит данные и публикует их. В 90-е годы массовой компьютеризации, появления большого количества разных баз данных в научной среде быстро пришли к мнению, что надо объединяться с коллегами и обмениваться данными. Проекты с жесткой стандартизацией оказались не очень успешными. Проекты GBIF со стандартом Darvin core используют такой подход – вы абсолютно свободны в выборе инструментов, как хранить и накапливать данные, как их обрабатывать, в какой системе. Стандарт нужен только при предоставлении данных. Его вполне реально освоить и полноценно им пользоваться».

Среди представителей ООПТ, участвующих в семинаре – люди с разным уровнем и профилем образования, с разным опытом работы. Далеко не все они – «активисты» GBIF. Но все приехали сюда с желанием научиться новому, понять преимущества современных подходов в исследованиях биоразнообразия. Организаторы школы справедливо считают, что в будущем заповедных коллег ожидает переход от работы «с кнопками» к работе с софтом, к новым методам анализа данных, копившихся десятилетиями.

Елена Стародубцева, ведущий научный сотрудник ФГБУ «Воронежский государственный биосферный заповедник: «Я считаю, использовать эти возможности очень важно. Потому что в заповедниках у нас ученые оторваны отчасти от мирового научного сообщества – в силу удаленности, в силу разной подготовленности специалистов. Многие наши сотрудники уходят на пенсию, или уходят из заповедников, а вместе с ними уходят и их данные. Потом очень многое из того, что они унесли с собой остается невостребованным, теряется для науки. Но когда какие-то наши работы публикуются где-то на английском языке – нас узнают, к нам обращаются. Это не только повышает статус и самооценку наших научных сотрудников, но и способно повлиять на отношение к нам различного уровня ведомственного начальства, которое не всегда лояльно к науке».


Сергей Чистяков,
заместитель директора по научной работе ФГБУ «Государственный заповедник «Кологривский лес»: «Наш заповедник пока не относится к числу «активистов» GBIF. Дело полезное, но надо в него как следует вникнуть. Мы только начинаем. Всему надо учиться. Помощь в этой работе для нас очень важна, и потому я сейчас здесь на этом семинаре».

Александра Хлопотова, заместитель директора по научной работе ФГБУ «Висимский государственный заповедник»: «Такая цифровизация, если она будет повсеместно и будет достаточно глубоко ретроспективна, внесет огромный вклад в науку. Сейчас мы вынуждены часто искать сведения в оффлайн-источниках, которые требуют больших разъездов, сопряжены с затратой времени и сил. Использование глобальных баз данных даст нам возможность не просто по-новому взглянуть, но и пересмотреть представления об ареалах различных видов. Я думаю, что пришедшее сейчас в заповедники поколение исследователей, владеющих информационными технологиями, стремящееся поддерживать научные связи с коллегами по всему миру, соответствовать мировым тенденциям, способно встать на рельсы нормального современного научного процесса. В это надо включаться и включаться надо срочно».

По результатам этой первой Школы будет подготовлен учебник-практикум для проведения курсов обучения сотрудников федеральных особо охраняемых природных территорий по стандартизации разных типов данных, представленных в Летописи природы и архивах заповедников и национальных парков и их публикации в сети GBIF.
Фото: Ольга Калинина