Приокско-Террасный заповедник был основан 19 июня 1945 года с целью сохранения и восстановления природных экосистем и ландшафтов, редких и исчезающих видов растений и животных.
Уникальность экосистем Приокско-Террасного заповедника, расположенных на границе зон хвойно-широколиственных подтаежных и широколиственных лесов, известна уже более 150 лет. Еще в 1861 году ботаник, профессор МГУ Николай Николаевич Кауфман обнаружил на этой территории сообщество южных степных растений, совершенно нехарактерных для этих мест – около 50 видов высших растений луговых степей, соседствующих с растительностью сосновых боров. Много сил для сохранения и изучения этого растительного сообщества, получившего название «Окская флора», приложил выдающийся ботаник, профессор МГУ Павел Александрович Смирнов, с 1916 и до 1980 года занимавшийся изучением уникального природного комплекса.
Через несколько лет после основания заповедника, в 1948 году, выдающийся российский ученый Михаил Александрович Заблоцкий основал на территории ООПТ Центральный зубровый питомник – один из первых питомников в программе возрождения этого почти исчезнувшего вида.
Именно зубры в свое время спасли Приокско-Террасный заповедник, изначально являвшийся одним из пяти участков Московского государственного заповедника, образованного в 1945 году. Остальные четыре части — Глубоко-Истринская, Приволжско-Дубненская, Верхне-Клязьминская, Верхне-Москворецкая — были сначала выделены в самостоятельные заповедники, а к 1951 году и вовсе упразднены. Восстановление популяции зубров к этому времени стало задачей международного уровня, что сохранило территорию за заповедной системой. Сегодня изображение этого краснокнижного животного по праву украшает герб Серпуховского района и эмблему самого заповедника.
За годы существования Центрального зубрового питомника родилось более 600 чистокровных зубров, значительная часть которых была расселена в равнинные и горные леса России, Украины, Белоруссии, Литвы в пределах прежнего ареала обитания этого вида. Рожденные в Подмосковье животные уже дали несколько поколений потомства в условиях естественного обитания.
С 19 февраля 1979 года Приокско-террасный заповедник имеет сертификат ЮНЕСКО и статус биосферного резервата.
С19 марта 2015 года заповедник носит имя выдающегося ученого Михаила Заблоцкого..
Экологическое просвещение давно стало одной из основных задач заповедника. Для посетителей доступна экскурсия на Центральный зубровый питомник с посещением Музея природы. В 2016 году открыты новые туристические объекты: высотная экологическая тропа «Сквозь листву» и экологический парк «Дерево-дом».
